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コズミック・イラ73--。強すぎる力が、ふたたび争いを呼んだ。C.E.70…。ザフトと地球連合の戦いは熾烈を極め、第2次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の後に停戦条約が締結された。だがこの停戦条約によってナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。その戦乱の中、シン・アスカは地球連合軍のオーブ侵攻に巻き込まれ、眼前で両親と妹を失う…。

いのちの糧は、戦場にある。かつて「厄祭戦」と呼ばれた戦争が終結してから約300年。三日月・オーガスが所属する民間警備会社クリュセ・ガード・セキュリティ（CGS）は、火星都市クリュセを独立させようとする少女、クーデリア・藍那・バーンスタインの護衛任務を受ける。しかし、武力組織ギャラルホルンの襲撃を受けたCGSは、三日月ら子供たちを囮にして撤退を…。

大学で水泳部の副部長を務めるウィンは、三兄弟の真ん中として育ち、弟ウィウを溺愛している。喧嘩ばかりの兄弟に挟まれ自分の恋愛には興味のなかったウィンだが、新入部員ティームが気になりはじめる。一方水泳の推薦で大学に入学したティームは、水泳部の入部を希望し選抜テストを受けることに。しかし、ティームは過去のトラウマを抱え大会前には眠れない日々を送っていた。